突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的...

在“香兰堂”古董店打工的美术院学生仓桥永莉，被古老雕花玻璃杯中映出的金发碧眼的可爱少女吸引，秘密地享受着与这非人幻象邂逅的愉悦。香兰堂位于善导寺商店街地中心，那里出入的都是年轻美丽的女性，然而仓桥却没有任何兴趣，只是迷恋着玻璃杯中的少女。第七天的夜里，在雕花玻璃杯里，永莉看见了自己将少女杀害的幻象。然后，从玻璃杯中溢出鲜血，少女的幻象实体化，迫使永莉定下契约。这个名叫“柯婕特”的少女，要求永莉救出...